Свято-Миколаївський храм у Куп’янську був збудований у 1848-1852 за проєктом Федора Данилова.

Перший дерев’яний храм на честь св. Миколая у Куп’янську існував із 1705 по 1824 рр.

Новий храм був побудований за кошти поміщика Ананьїна та парафіян, за участі предводителя дворянин О. Клепацького. Його стиль – еклектичний, з елементами класицизму та російсько-візантійської архітектури, яка офіційно домінувала у першій половині ХІХ ст. Храм є пам’яткою архітектури.

Одночасно з церквою зліва та справа від входу були збудовані службові флігелі в тому ж стилі. У 1860-х на його території був висаджений сад, що став сквером.

У 1870-х рр. до храму були прибудовані два нефи.

У 1932 р. купол і дзвіницю було знесено, у вівтарній частині храму торгували м’ясом.

З 1940-х рр. у Свято-Миколаївському храмі знову почали проводити служби. Поступово, з кінця 1980-х, його почали відновлювати, але повноцінно відбудований в оригінальному виді він був пізніше – у 2000-х рр. за проєктом архітектора Володимира Новгородова та Юрія Ліханського.

Варто відзначити, що позолочення з нітриду титану купол та завершення дзвіниці отримали тільки у 2015 р., до цього вони були вкриті більш аутентичними чорними мідними листами (форма бані під час “позолочення” була трохи змінена). Храм прикрашали понад 10 ікон ХІХ сторіччя, виконаних слобожанськими майстрами зі сл. Борисівки.

Територія храму постраждала внаслідок обстрілу російських військ 26 вересня 2022 р.

Внаслідок обстрілу згоріла недільна школа та церковний магазин.

Але сам храм та його оздоблення на світлинах серпня 2025 року ще були у доброму стані.

2026 рік церква не пережила. В результаті обстрілів російських військ була зруйнована дзвіниця, був пошкоджений дах та службові будівлі храмового комплексу.