Згідно з дослідженнями архієпископа харківського Філарета Гумілевського, проведених у першій половині XIX століття, Свято-Троїцька церква в с. Мала Комишуваха (Ізюмський район Харківської області) була збудована у 1793 році, а у 1850-му налічувала 2286 парафіян.

Згідно з довідковою книгою для Харківської Єпархії 1904 р. храм був збудований у 1826 р. як кам’яний одновівтарний (ймовірно в 1793 р. була побудована перша дерев’яна церква на її місці), парафіян у 1904 р. було вже 3601. При храмі діяла церковнопарафіяльна школа.

Храм був серйозно пошкоджений внаслідок російських обстрілів 8 березня 2022 р. Постріл у купол було проведено з танкової гармати.

Російські війська розмістили у храмі шпиталь.

У вівтарі було розміщено склад.

Внаслідок пошкодження бані до храму потрапляли опади і його затопило водою.