16 грудня 1764 року Урядовий сенат та імператриця заслухали доповідь сенаторів князя Шаховського, генерал-аншефа Паніна та таємного радника Олсуф’єва «Про заснування з усіх Слобідських полків особливої губернії та про збір податків на утримання та заснування Слобідських легких військ».

Під доповіддю власною рукою імператриця Катерина II написала: «Заготувати маніфест до підписання». Резолюція ж Урядового сенату звучала: «Бути по сему». Таким чином, саме з 16 грудня управління Слобідських полків знищувалося і на його місці вводилася окрема губернська канцелярія. На “перший час” губернатором поставили Євдокима Щербініна.

Важливо відзначити, що ліквідація старих порядків на землях Слобідської України не зводилася лише до маніфесту від 28 липня 1765 року. Так, 28 лютого 1765 року сенат прийняв указ «Про заснування комісії для перетворення Слобідських полків на особливу губернію». 3 березня було затверджено доповідь Військової комісії «Про заснування зі Слобідських полків 5 гусарських польових; про комплектування та зміст цих». 20 травня слідує найвища резолюція сенату на доповідь Шаховського, Паніна та Олсуф’єва «Про влаштування новоустановленої Слобідської губернії». А 6 липня з’являється дуже цікавий документ «Інструкція Слобідської губернії губернатору з губернською та провінційними канцеляріями».

І лише 28 липня з’явився маніфест імператриці Катерини «Про заснування в Слобідських полках пристойного цивільного устрою та перебування канцелярії губернської та провінційної». Таким чином, Слобідська Україна ставала однією з губерній Російської імперії з адміністративним центром у Харкові. Побори старшин із місцевого населення змінило офіційне оподаткування – «подушний податок». Нагадую, що дворяни та духовенство його не платили. Козачі військові звання замінили на загальновійськові кавалерійські. Полкова старшина отримувала російське дворянство (вища — спадкове, нижча — особисте) та всі дворянські права. Полкові та сотенні форми цивільного управління були формально скасовані. Варто також зазначити, що спроби реформувати землі Слобідської України робилися урядом і раніше, у 1730-х роках, проте лише реформа 1765 р. була повною та рішучою. У самому маніфесті, зокрема, говорилося:

Відомий харківський історик Дмитро Багалей дав дуже точну характеристику рокам після реформи:

Слобідська Україна переживала перехідний момент свого історичного існування: старий козацько-військовий побут поступово замінювався цивільним. Нові урядові установи послабили значення місцевих, але самі своєю чергою не встигли пристосуватися до чужої для їх форм середовищу. Канцелярська процедура, заплутаність правових норм, письмове провадження справ залишали надію на безкарність сильнішим і сміливішим.

Природно, новий устрій Слобідської України не всім сприйняли однозначно. Так, 1888 року в журналі «Київська старовина» на підставі архівних документів було опубліковано вкрай цікаве дослідження Івана Васильовича Теличенка «Протест слобідської старшини та козаків проти реформи 1765 р.». У тому ж році ця робота вийшла у Києві у вигляді невеликої книги на 26 сторінок. У ній автор чесно пише:

Пропонований тут нарис протестів старшини та населення представляє опис досить скромних, по суті, проявів невдоволення. Серед старшини рух, ворожий до реформ виявився ще під час підготовки перетворень і мав висловитися у посиланні депутатів до Петербурга з проханням про утримання status quo; в масі населення невдоволення виявилося після перетворень під час збору та розкладки нового податку, і виявилося в завзятому небажанні платити згаданий оклад. Винуватцем пожвавлення та бродіння серед слобідської старшини був ізюмський полковник Федір Фоміч Краснокутський.

У своїх листах з Петербурга він закликав ізюмську старшину до згоди та одностайності, а також благав її негайно вибрати представників від полків та обивателів і відправити їх до Санкт-Петербурга – для клопоту про утримання старих козацьких прав та привілеїв. У результаті розповсюджувачів цих листів було заарештовано як політичних злочинців. Сам же Краснокутський був визнаний винним у протизаконному листуванні, що схиляє до обурення народ і утруднює «твір у слобідських полках установ». Полковника взяли під варту.

Ось як пише про нього Філаєрет (Гумілевський) у своєму «Історико-статистичному описі Харківської єпархії»:

Був Федір Фомич Краснокутський, людина розумна, енергійна, але іноді неприборкана в поривах самовладдя; за різкі відгуки про нове (намісницьке) управління відправлений він був до Казані з позбавленням чинів та майна, і хоча згодом, за клопотанням дружини – енергійної козачки, був повернутий до Слобідської України, але незабаром помер, не отримавши чинів.

У «Повних зборах законів Російської імперії» також можна знайти чимало цікавого. Наприклад, 25 грудня 1767 року вийшов маніфест «Про обережність від шкідливих людей, які хочуть порушити добробут, тишу та спокій». На самому початку документа дається опис дореформеної Слобідської України:

Ми знайшли цей народ внутрішніми чварами стурбований і, під виглядом військової служби, зайвими, а часто й беззаконними поборами обтяжений. Правосуддя ж у ньому було таке, як усім відомо, що сильний і багатий пригнічував бідного й безгласного… побачили, що все в тій Губернії безладдя походить від колишнього образу її правління…

Далі пояснюється, що саме з цих причин і було створено Слобідсько-Українську губернію, а також перераховуються блага, які це дало. А ось потім починається найцікавіше.

Але за всім тим, знайшлися такі злі та невдячні люди, які наважилися в простому народі дати іншу користь цим Нашим корисним усьому народу та Державі установам, якось нині тут у Москві приклад був, що хтось, колишній житель міста Охтирки, прізвищем Яготинець, намагався всіляко відвадити людей від належної урядам поваги та послуху, за що, як уже він і раніше за подібні йому справи був покараний, наказали Ми його заслати нині до Нерчинська. І так розсудили ми за благо через це публікувати в Слобідсько-Українській губернії, для народної звістки, щоб кожен міг стерегтися від таких шкідливих людей, які, для своєї власної безпутної та малої користі, шукають, загальні нині встановлені добробут, тишу і спокій порушити неприємними толками, намагаючись про повалення цих корисних Наших у Слобідській Українській губернії установ.

Як бачимо, не всі наші предки сприйняли ліквідацію козацьких полків однозначно позитивно. І протестні настрої, хай і слабкі, на Слобідській Україні таки були.