Свято-Миколаївський храм у Куп’янську був збудований у 1848-1852 за проєктом Федора Данилова.

Перший дерев’яний Миколаївський храм у місті існував із 1705 по 1824 рр.

Новий храм був побудований за кошти поміщика Ананьїна та парафіян.

У 1932 р. купол і дзвіницю було знесено, у вівтарній частині храму торгували м’ясом.

Проте, богослужіння було відновлено у 1950-х рр.

Територія храму постраждала внаслідок обстрілу російських військ 26 вересня 2022 р.

Внаслідок обстрілу згоріла недільна школа та церковний магазин.