Харківська гімназія №88 веде свою історію від неповної семирічної школи №88, відкритої 1932 р. у бараках Південного селища (ХТЗ).

У 1936 р. на базі школи-семирічки було відкрито повноцінну середню школу, для якої було збудовано нову будівлю.

На відміну від сусідньої школи №119, побудованої у конструктивістському стилі, у 88-й школі вже були помітні класичні нотки перехідного періоду від конструктивізму до сталінського ампіру.

Першим директором школи став Михайло Антонович Новицький.

У 1938 – 1941 pp. у школі працює учителем географії О. Г. Зубарєв. Під час німецької окупації він став головою підпільного осередку опору, який встиг здійснити кілька диверсій та поширити близько 6 тисяч листівок. Зубарєва та інших підпільників схопили вже у січні 1942-го та незабаром розстріляли.

У 1963 р. школі присвоєно ім’я Олександра Зубарєва, в 1964 р. – у школі відкрили музей О. Зубарєва. У 1965 р. Зубарєву було надано звання Героя СРСР (посмертно), У 1966 р. перед входом до школи було встановлено пам’ятник (скульптор В. Агібалов).

Сучасна адреса школи – вул. Генерала Момота, 8. З 1936 року вулиця, на якій знаходиться школа, називалася на честь III Інтернаціоналу, У 2015 р. вона була перейменована на честь Генерала Момота.

Ігор Федорович Момот, генерал-майор прикордонної служби України, загинув біля Зеленопілля Луганської обл. 11 липня 2014 р., внаслідок ракетного обстрілу (перше безпосереднє масоване застосування регулярних військ РФ проти Збройних Сил України). Меморіальну дошку генералу Момоту було відкрито у 2016 р. У 2019 р. генералу посмертно було надане звання героя України.

Гімназія постраждала внаслідок ударів російських бомбардувань 19 вересня 2024 р.