Свято-Николаевский кафедральный собор в Купянске был построен в 1848-1852 по проекту Федора Данилова.

Первый деревянный Николаевский храм в городе существовал с 1705 по 1824 гг.

Новый храм был построен за счет пожертвований помещика Ананьина и прихожан.

В 1932 г. купол и колокольня были снесены, в алтарной части храма торговали мясом.

Тем не менее богослужения были возобновлены в 1950х гг.

Территория храма пострадала в результате обстрела российских войск 26 сентября 2022 г.

В результате обстрела сгорела воскресная школа и церковный магазин.