16 декабря 1764 года Правительствующий сенат и императрица заслушали доклад сенаторов князя Шаховского, генерал-аншефа Панина и тайного советника Олсуфьева «Об учреждении из всех Слободских полков особой губернии и о сборе податей на содержание и учреждение Слободских легких войск».

Под докладом собственной рукою императрица Екатерина II начертала: «Заготовить манифест к подписанию». Резолюция же Правительствующего сената гласила: «Быть по сему». Таким образом, именно с 16 декабря управление Слободских полков уничтожалось и на его месте вводилась отдельная Губернская канцелярия. На «первый случай» губернатором поставили Евдокима Щербинина.

Важно отметить, что ликвидация старых порядков на землях Слободской Украины не сводилась к одному лишь манифесту от 28 июля 1765 года. Так, 28 февраля 1765 года сенат принял указ «Об учреждении комиссии для преобразования Слободских полков в особливую губернию». 3 марта был утвержден доклад Воинской комиссии «Об учреждении из Слободских полков 5 полевых гусарских; о комплектовании и содержании оных». 20 мая следует высочайшая резолюция сената на доклад Шаховского, Панина и Олсуфьева «Об устройстве новоучрежденной Слободской губернии». А 6 июля появляется крайне интересный документ «Инструкция Слободской губернии губернатору с губернскою и провинциальными канцеляриями».

И только 28 июля последовал манифест императрицы Екатерины «Об учреждении в Слободских полках приличного гражданского устройства и о пребывании канцелярии губернской и провинциальной». Таким образом, Слободская Украина становилась одной из губерний Российской империи, с административным центром в Харькове. Поборы старшин с местного населения сменило официальное налогообложение ― «подушный налог». Напоминаю, что дворяне и духовенство его не платили. Казачьи воинские звания заменили на общевойсковые кавалерийские. Полковая старшина получала русское дворянство (высшая — потомственное, низшая — личное) и все дворянские права. Полковые и сотенные формы гражданского управления были формально упразднены. Стоит также отметить, что попытки реформировать земли Слободской Украины предпринимались правительством и ранее, в 30-х годах, однако лишь реформа 1765 была полной и решительной. В самом манифесте, в частности, говорилось:

Известный харьковский историк Дмитрий Багалей дал весьма точную характеристику годам после реформы:

Слободская Украина переживала переходной момент своего исторического существования: старый козацко-военный быт мало-помалу заменялся гражданским. Новые правительственные учреждения ослабили значение местных, но сами в свою очередь не успели приспособиться к чуждой их формам среде. Канцелярская процедура, запутанность правовых норм, письменное производство дел оставляли надежду на безнаказанность более сильным и смелым.

Естественно, новое устройство Слободской Украины не всеми было воспринято однозначно.
Так, в 1888 году в журнале «Киевская старина» на основании архивных документов было опубликовано крайне интересное исследование Ивана Васильевича Теличенко «Протест слободской старшины и казаков против реформы 1765 г.». В том же году эта работа вышла в Киеве в виде небольшой книги на 26 страниц. В ней автор честно пишет:

Предлагаемый здесь очерк протестов старшины и населения представляет описание довольно скромных, в сущности, проявлений неудовольствия.
Среди старшины враждебное реформ движение обнаружилось еще во время подготовки преобразований и должно было выразиться в посыле депутатов в Петербург с просьбою об  удержании status quo; в массе населения недовольство проявилось после преобразований во время сбора и раскладки нового оклада, и выразилось в упорном нежелании платить упомянутый оклад. Виновником оживления и брожения среди слободской старшины был изюмский полковник Федор Фомич Краснокутский.

В своих письмах из Петербурга он призывал изюмскую старшину к согласию и единодушию, а также умолял ее немедленно выбрать представителей от полков и обывателей и отправить их в Санкт-Петербург ― для хлопот об удержании старых казацких прав и привилегий. В итоге распространители этих писем были арестованы как политические преступники. Сам же Краснокутский был признан виновным в противозаконной переписке, склоняющей к возмущению народ и затрудняющей «произведение в слободских полках учреждений». Полковника взяли под караул.

Вот как пишет о нем Филаерет (Гумилевский) в своем «Историко-статистическом описании Харьковской епархии»:

Был Федор Фомич Краснокутский, человек умный, энергический, но иногда необузданный в порывах самовластия; за резкие отзывы о новом (наместническом) управлении отправлен он был в Казань с лишением чинов и имуществ, и хотя впоследствии, по ходатайству жены – энергической казачки, возвращен был в Слободскую Украину, но скоро скончался, не получив чинов.

В «Полном собрании законов Российской империи» также можно найти немало интересного. Например, 25 декабря 1767 года вышел манифест «Об имении осторожности от зловредных людей, ищущих нарушить благоденствие, тишину и спокойствие». В самом начале документа  дается описание дореформенной Слободской Украины:

Мы нашли сей народ внутренними распрями обеспокоен и, под видом военной службы, лишними, а часто и беззаконными поборами отягощен. Правосудие же в нем было таково, как всем известно, что сильный и богатый удручал бедного и безгласного… усмотрели, что все в той Губернии неустройство происходило от прежнего образа ее правления…

Далее поясняется, что именно по этим причинам и была создана Слободско-Украинская губерния, а также перечисляются блага, которые это дало. А вот затем начинается самое интересное.

Но за всем тем, нашлись такие злые и неблагодарные люди, которые отважились в простом народе дать иной толк сиим Нашим полезным всему народу и Государству установлениям, как-то ныне здесь в Москве пример был, что некто, бывший житель города Ахтырки, прозванием Яготинец, старался всячески отвадить людей от должного правительствам почтения и послушания, за что, как уже он и прежде за подобные ему дела был наказан, повелели Мы его сослать ныне в Нерчинск. И так рассудили мы за благо через сие публиковать в Слободско-Украинской губернии, для всенародного известия, дабы всяк мог остерегаться от таковых зловредных людей, кои, для собственной своей беспутной и малой корысти, ищут, общие ныне установленные благоденствие, тишину и спокойствие нарушить вредными и противными толками, стараясь о ниспровержении сих полезных Наших в Слободской Украинской губернии учреждений.

Как мы видим, не все наши предки восприняли ликвидацию казацких полков однозначно позитивно. И протестные настроения, пускай и слабые, на Слободской Украине все-таки были.