Харьковская гимназия №88 ведет свою историю от неполной семилетней школы №88, открытой в 1932 г. в бараках Южного поселка (ХТЗ).

В 1936 г. на базе школы-семилетки была открыта полноценная средняя школа, для которой было построено новое здание.

В отличие от соседней школы №119, построенной в конструктивистком стиле, в 88-я школе уже угадывались классические нотки переходного периода от конструктивизма к сталинскому ампиру.

Первым директором школы стал Михаил Антонович Новицкий.

В 1938 – 1941 гг. в школе работает учителем географии А. Г. Зубарев. Во время немецкой оккупации он стал главой подпольной ячейки сопротивления, которая успела совершить несколько диверсий и распространить около 6 тысяч листовок. Зубарева и других подпольщиков схватили уже в январе 1942-го и вскоре расстреляли.

В 1963 г. школе было присвоено имя Александра Зубарева, в 1964 г. – в школе был открыт музей А. Г. Зубарева. В 1965 г. Зубареву было присвоено звание Героя СССР (посмертно), В 1966 г. перед входом в школу был установлен памятник (скульптор В.А. Агибалов).

Современный адрес школы — ул. Генерала Момота, 8. С 1936 улица, на которой находится школа, носила имя III Интернационала, В 2015 г. она была переименована в честь Генерала Момота.

Игорь Федорович Момот, генерал-майор погранслужбы Украины, погиб около Зеленополья Луганской обл. 11 июля 2014 г., в результате ракетного обстрела (первое непосредственное массированное применение регулярных войск РФ против Вооруженных Сил Украины). Мемориальная доска генералу Момоту была открыта в 2016 г. В 2019 г. генералу посмертно было присвоено звание героя Украины.

Гимназия пострадала в результате ударов российских бомбардировок 19 сентября 2024 г.